백제 무왕 41년에 자장율사에 의해 창건된 사찰이다.
창건당시에는 30여 채를 거느린 큰 사찰이었으나
조일전쟁 당시에 소실되는 아픔을 겪으면서
크게 쇠퇴하였다. 마곡사는 우리의 근 현대사와도
큰 연관이 있는데, 명성황후 시해 사건 이후 울분에
겨워 일본인 장교를 살해하고 형무소에 수감 됐던
김구 선생이 탈옥 이후 3년동안 승려로 지내며
은신을 했던 곳이 바로 마곡사였다. 그때의 인연을
잊지 못한 백범 선생이 해방 이후 다시금 마곡사를찾아
"돌아와 세상을 보니 흡사 꿈속의 일 같구나!"라며
심은 향나무가 극락교 건너 5층석탑 왼편에 위치한
응진전에서 지금도 자라고 있다.